Museum Sejarah Tarakan beralamat di Jalan sei Sembakung Kawasan Sport Centre Tarakan Kampung Empat Kelurahan Kampung Empat Kecamatan Tarakan Timur. Menempati tiga bangunan baru berlantai satu masing-masing dua bangunan utama di bagian depan dan satu bangunan dibagian belakang menempati luas area kurang lebih 150 m². Secara fungsional Kedua gedung bagian depan difungsikan sebagai ruang pameran tetap dan gedung bagian belakang sebagai ruang pengelola, ruang penyimpanan (storage), ruang perawatan (preparasi & konservasi), ruang mini teater dan lainnya.

Pada masa awal peresmian dan beroperasi museum ini disebut Museum Sejarah Perang Dunia II dan Museum Perminyakan. Kemudian ditengah proses pengelolaannnya sedang berjalan kurang lebih 3 tahun sambil dilakukan evaluasi atas kebutuhan meluaskan jangkauan komunikasi dan informasinya tidak hanya sebatas tema perang dan perminyakan saja. Maka atas pertimbangan tersebut selanjutnya diputuskan  meluaskan tema jangkauan layanan informasi dan komunikasi  sekaligus mempertibangkan nama museum yang menggabungkan kedua tema yang sudah ada.

 “Museum Sejarah Tarakan” dinilai menjadi nama yang tepat mengakomodasi jangkauan layanan tema informasi dan komunikasi yang lebih luas. Perubahan nama ini memungkinkan Museum Sejarah Tarakan memberikan layanan kepada pengunjung tidak hanya pada tema-tema sejarah perang dan perminyakan semata. Perubahan nama tersebut mendorong terbukanya  layanan komunikasi dan informasi pada tema-tema objek pemajuan kebudayaan daerah termasuk cagar budaya. Konsep ini kemudian menjadi dasar kuat oleh pemerintah daerah dan dukungan DPRD Kota Tarakan memberikan dukungan anggaran multiyear untuk dilakukan pembangunan peningkatan sarpras pendukung dan penataan ulang ruang interior tata pamer koleksi Museum Sejarah Tarakan tahun 2022 dan 2023. Hasil dari program kegiatan pendukungan ini mampu merubah tampilan fisik tata pamer koleksi dan interior museum ini seperti terlihat sekarang termasuk peningkatan angka kunjungan museum.

Layanan komunikasi dan informasi Museum Sejarah Tarakan secara umum terbagi atas 5 (lima) tema yakni :

1. Tema Tarakan Pra Kolonial :

Tema ini menempati layanan ruang komunikasi dan informasi paling depan dengan menempatkan berbagai media sebagai pengantar umum bagi pengunjung. Baik berupa simbolik seperti miniatur Padaw Tujuh Dulung yang lekatkan pada dinding sebagai simbol identitas warisan budaya lokal Tarakan maupun media literasi berupa kronik sejarah.  Media literasi kronik sejarah menjadi panduan aspek ruang dan waktu tentang proses okupasi awal Pulau Tarakan. Suatu penggabaran literasi Tarakan sebagai bagian dari barisan pulau-pulau terpencil  dipantai Timur  Kalimantan bagian utara yang dibuka pada akhir abad 18 Masehi.

2. Tema Tarakan Masa Kolonial :

Tema masa kolonial ditempatkan pada ruang kedua dalam akses alur kunjungan yang menyambungkan komunikasi dan informasi tema sebelumnya. Pengunjung lebih diarahkan mengetahui simbol dan nuansa arsitektur bangunan kolonial dan dilengkapi media digital elektronil untuk mendukung kemudahan informasi bagi pengunjung tentang lingkungan sosial Tarakan khususnya masa Kolonial Belanda. Beberapa benda koleksi masa kolonial ditampilkan dalam ruang ini untuk menguatkan nilai informasi tema ruang Tarakan masa colonial seperti benda – benda serpihan dari rangkaian struktur bangunan masa Kolonial di Tarakan. 

3. Tema Tarakan Masa Pertambangan Minyak Bumi :

Sebagai rangkaian komunikasi dan informasi secara kronologis, masa pertambangan minyak bumi di Tarakan menjadi bagian penting untuk dikomunikasikan kepada pengunjung. Selain latar belakang proses pembentukan minyak bumi dan cara produksi juga hasil produk berbahan dasar minyak bumi merupakan bagian penting untuk mengedukasi pengunjung dalam ruang ini. Jadi tema komunikasi dalam ruang ini tidak hanya menyajikan sejarah perminyakan di Tarakan melalui pengamatan pengunjung pada benda-benda koleksi mata bor dan peralatan alat produksi saja. Melainkan pengkomunikasian yang dibangun melalui media elektronik tentang berbagai jenis produk industri berbahan dasar minyak bumi yang digunakan dalam kehidupan sehari-hari.

4. Tema Tarakan Masa Perang Dunia II :

Fase yang menunjukkan kondisi dari lingkungan yang telah tertata rapi ditandai dengan infrastruktur dan suprastruktur pendukung Tarakan sekitar tahun 1900 – 1940-an menjadi tema komunikasi dan informasi pada ruang ini. Kehidupan sosial Tarakan yang rapi dan damai berubah menjadi lingkungan kota industry tambang minyak yang porak-poranda. Perebutan kekuasaan yang tidak dapat dielakkan dan memposisikan Tarakan sebagai “panggung Perang Dunia II” menjadi jawaban atas perubahan tersebut. Dalam ruang ini pengunjung tidak hanya diajak mengetahui pencapaian kemajuan dan keunggulan teknologi peralatan militer negara-negara industri yang bertikai di Tarakan (1942-1945). Akan tetapi lebih jauh diharapkan pengunjung dapat mengambil hikmah dibalik perang tentang dampak buruk yang ditimbulkan perang tersebut kepada masyarakat Tarakan melalui video perang dan foto-foto pada panil-panil media vitrin koleksi.

5. Tema Tarakan Berbudaya / Masa Kemerdekaan :

Penggambaran melalui media komunikasi berupa gambar mural kehidupan sosial budaya masyarakat pada ruang tema ini tidak hanya mengkomunikasikan kepada pengunjung tentang simbol-simbol perkembangan budaya dalam kehidupan masyarakat Tarakan.  Secara filosofis menegaskan kemandirian budaya masyarakat Tarakan yang diwariskan turun-temurun dan terus diadaptasikan sesuai perkembangan jaman. Bahwa budaya tradisional Tarakan telah dilahirkan dalam lingkungan awal berbarengan dengan awal pembentukan permukiman Tarakan sebelum dominasi pengaruh kontrol sosial penguasa kolonial.